药物流产的合适时间是在妊娠49天以内。在适合期内，其效果与怀孕天数成反比，即怀孕天数越多，流产效果越差；天数越少，效果越好。B超可以显示胎囊，以估计妊娠时间。胎囊平均直径小于20毫米，说明停经时间少于49天，药流效果较好；如果胎囊过大，药流效果不好，而且危险性增大。
另外，单凭临床表现及妊娠试验阳性诊断早孕，混于其中的少数异位妊娠、葡萄胎或子宫畸形等，难以发现，可能造成误诊，如果也当作早孕进行药流，轻则延误真正疾病的发现，重则如宫外孕，导致孕囊破裂大出血，可危及生命。所以药物流产前应进行B超检查。有的女性不愿做这项检查，自己服打胎药的做法是危险的。
